La Batalla de Yungay trajo como consecuencia, el fin de la Confederación Perú-Boliviana, el cese de la influencia de Andrés de Santa Cruz en Bolivia -a pesar de que se contaron hasta 6 alzamientos a su nombre en Bolivia con posterioridad- y la restauración de ambas naciones por separado.
El triunfo en esta batalla es recordado por el Ejército de Chile con el Himno de Yungay, y en el Perú con la creación, del Departamento de Ancash (zona donde se realizó la Batalla de Yungay), reemplazando al antiguo Departamento de Huaylas.
La Batalla de Yungay no tiene en la memoria histórica del Perú la misma importancia que tiene en Chile. Mientras en este último país se la recuerda como un hito fundacional de la nación chilena, en el Perú no se conmemora oficialmente, ya que las guerras de la Confederación se vivieron más como una guerra civil que como una guerra externa. Por lo general, cuando se habla de la Guerra contra la Confederación Perú-Boliviana, en la historiografía peruana se considera que el "invasor" es Bolivia y fue un triunfo que logró la independencia del Perú, minimizando el papel de la intervención de Chile. Por otro lado hay quienes lamentan la derrota de la confederación, por que se perdió la oportunidad que el Perú fuera un país reconciliado con sus raíces andinas, representadas por la alianza con Bolivia.
Esto se debe, en parte, a que el Perú estaba profundamente dividido durante la época de la confederación. La élite costeña que gobernaba el Perú desde Lima -militarmente representada por el caudillo cuzqueño Agustín Gamarra- vio en el proyecto confederado una amenaza a su alianza económica con Chile, la que mantenía a través de un comercio por el Océano Pacífico. Las elites costeñas del Perú recurrieron al apoyo de Chile, país que tenía sus propios intereses para intervenir en el conflicto. Las élites costeñas de Perú no sólo aceptaron, sino fomentaron la intervención chilena en su propio país y consideraban un aliado a Chile y un invasor a Bolivia. Por otro lado estaban las élites de la sierra sur peruana, donde el proyecto de la Confederación Perú-Boliviana tenía más adeptos.
La historiografía boliviana recuerda la Confederación Perú-Boliviana como una época de máximo apogeo.
